1958年，在长春中医进修学校、吉林省卫生干部学校、长春卫生学校联合开办的中西医勤工俭学门诊部基础上，调整部分人员正式建立吉林省中医研究所。整个研究所坐落在长春市西中华路上的一座二层小楼里，总建筑面积只有500平方米。

1962年初，根据上级指示，结合吉林省中药资源丰富的特点，开始筹建中药研究室，并陆续调入药学研究人员。增加了中药研究力量和业务，“吉林省中医研究所”也改称为“吉林省中医中药研究所”。

1984年11月6日，由国家科委正式批准（国科发管字〔84〕1088号），吉林省中医中药研究所升格为吉林省中医中药研究院，为吉林省直属事业单位。

1998年，为进一步振兴我省中医事业，经省编委吉编办（1998）75号文件批准，吉林省中医中药研究院加挂吉林省第二中医院牌子，直接开展中医医疗服务。

2003年，根据工作需要，经研究，吉林省中医中药研究院加挂吉林省中西医结合医院牌子，原加挂的吉林省第二中医院牌子予以撤销。

2007年，经研究并报省机构编制委员会办公室批准，原吉林省中医中药研究院更名为吉林省中医药科学院，继续加挂吉林省中西医结合医院牌子。更名后，原隶属关系、机构性质、职责任务、机构规格、人员编制、领导职数、经费渠道等均不改变。

2012年，根据《吉林省中西医结合医院更名为吉林省中研医院的批复》（吉编事字〔2011〕403）文件精神，经研究，吉林省中医药科学院加挂的吉林省中西医结合医院牌子更名为吉林省中研医院。

2014年，根据《关于省中医药科学院（省中研医院）更名的批复》（吉编事字〔2014〕1号），经研究，吉林省中医药科学院加挂的吉林省中研医院牌子更名为吉林省中医药科学院第一临床医院。